各级财政农业专项资金的大量投入，进一步增强了农业发展的后劲。但近期审计部门开展的财政预算执行情况审计发现，一些负责农业专项资金管理的财政部门，并未对专款资金的使用实施有效的监督管理，致使部分农业专项资金使用效率低下，其中突出的问题主要有以下几点：

1、缺少系统的调查研究，立项依据不充分。由于财政部门负责专项资金管理的人力缺乏，部分项目只是侧重于检验政策依据有没有，手续完不完备，并未对拟定项目的紧迫程度、支持对象的布局规划、具体目标的操作性等相关情况进行评估论证，无具体指标及数据说话，因而造成部分项目干干停停、停停干干，财政监管的缺失使农业专项资金的使用从事前即源头上就未抓好。

2、缺乏健全的财务制度，报销凭证真实性差。财政部门日常公务繁重，对于本级管理的农业专项资金的使用，只能是核对项目资金审批表、报账凭证的签章等资料全不全，并未对下拨基层单位的大量资金进行定期督察，进而出现部分下拨专款未单独设置专账专户管理、未及时进行固定资产核算、使用虚假报销凭证等违反专项资金管理规定的情况，造成财政资金的流失，财政部门的无力监管使强化事中过程的管理成为了一句空话。

3、缺失专业知识，检查手段单一。财政部门对于部分农业专款项目进行验收时，大多注重项目技术、财务、资金等情况的掌握，但对于众多农业工程监理、竣工结算等方面的专业知识了解较少。工程验收时，并无专人参与操作验收核算，多数情况下由财政部门牵头组织会计事务所、监理公司等中介机构进行项目验收核实，出现工程弄虚作假的情况时有发生。财政部门单一手段的监管使农业专项资金的事后监督变得很无奈。